현 교육관계 법령 내 보건교사 배치기준과 관련하여 세 가지 측면에서 문제점을 제시해보면 첫째, 초․중등교육법과 학교보건법 시행령상의 보건교사 배치기준이 일치하지 않고 있고 둘째, 교육관계 법령상의 ‘둘 수 있다’라는 규정은 보건교사를 두기 위한 규정임에도 ‘두지 않아도 된다’로 행정편의적으로 해석하여 보건교사 증원을 억제하고 있다.

셋째, 초․중등교육법과 학교보건법 시행령상의 보건교사 배치기준의 변화과정을 살펴보면 보건교사 배치 확대를 위한 노력과 사회적 요구에도 불구하고 보건교사 배치기준이 법적으로 퇴보되는 방향으로 개정되어 왔다.

그러나 ‘모든 학교에 보건교사를 두고(김교흥의원과 이군현의원의 보건교사 배치 개정안 입법발의, 보건교사회), 일정규모 이하의 학교에는 순회보건교사를 둘 수 있도록(교과부조정안)’ 학교보건법이 개정(2007.12.14)되었으나 아직 시행령개정의 후속 작업은 따르지 않고 있다.

학급수의 규모가 보건실 운영과 업무에 영향을 미친다는 것은 누구나 인정하는 사실임에도 현재 학생수 3,000명이 넘는 86학급 거대학교에도 보건교사 1인이 배치되어 있으며, 일선학교의 보건교사 배치율 또한 64.3%로 저조하다(보건교사회 보도자료, 2008).

일본이 학생수 300-500명당 보건교사 1인이 배치되어 있는 경우와 현행 교육관계 법령상 타교직원과의 배치기준의 형평성 등을 고려하더라도 과대학급 배치기준과 특수교육대상자가 있는 학교 및 의료소외 지역 소규모 학급의 보건교사 배치기준이 시급히 마련되어야 한다.