고등학교 신입생 선발과 관련하여 후기 고등학교 배정 시(고입배정원서 작성시 자율형공립고등학교와 일반고등학교를 동시에 지원) 일반고등학교 배정에 앞선 자율형공립고등학교에 우선 배정함으로써 부당배정방식이라는 지적이 있으며, 일반고등학교의 교육력 향상 및 꿈과 끼를 키우는 행복교육을 실현하기 위하여 ‘15학년도부터 자율형공립고등학교의 우선 선발권을 폐지 하기 위해 그 토론을 거치고자 함.